COMPITO 3-ALLINEAMENTO DI SEQUENZE DI EMOGLOBINA DI DUE ORGANISMI DIVERSI.

Entriamo nella pagina principale del sito dell' NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov .Si parte dall' interrogazione di banche dati nucleotidiche.Nella pagina principale abbiamo cliccato su "core nucleotide" e selezionato nella finestra a tendina l' ambito in cui volevamo fare la ricerca,in questo caso " nucleotide", per trovare la sequenza che codifica per la catena alfa 1 dell' emoglobina. Nella query si immette " alpha hemoglobin ",tra i risultati ottenuti clicchiamo su quella umana.Ora appare la pagina contente le informazioni e funzioni dell' emoglobina . In fondo alla pagina sotto "Related Sequences" abbiamo cercato la sequenza corrispondente all' alfa emoglobina.Abbiamo cliccato su " sequence" e copiato e incollato sul blocco note la sequenza nucleotidica.Ripetiamo l' operazione cercando l' emoglobina di un altro organismo( noi il topo). Poi siamo andate sul sito http://www.ebi.ac.uk/emboss/align/ , European Molecular Biology Laboratory (EMBL) ,il corrispondente europeo dell'NBCI.Clicchiamo su Tools,poi su "sequence analysis" e poi su "align" per fare l'allineamento tra le due sequenze nucleotidiche precedentemente trovate e copiandole e incollandole nelle apposite finestre e selezionando l'opzione DNA.
Ecco a voi il risultato:

Help General Help Formats Gaps Matrix References EMBOSS-Align Help

EMBOSS Align Results Needle Results Matrix DNAfull Open gap penalty 10.0 Gap extension penalty 0.5 Needle output needle-20080401-11074153106058.output ######################################## # Program: needle # Rundate: Tue Apr 01 11:07:43 2008 # Align_format: srspair # Report_file: /ebi/extserv/old-work/needle-20080401-11074153106058.output ######################################## #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: EMBOSS_001 # 2: EMBOSS_001 # Matrix: EDNAFULL # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 480 # Identity: 78/480 (16.2%) # Similarity: 78/480 (16.2%) # Gaps: 382/480 (79.6%) # Score: 275.0 # # #======================================= EMBOSS_001 1 CCCCACAGACTCAGAGAGAACCCACCATGGTGCTGTCTCCTGCCGACAAG 50 EMBOSS_001 1 0 EMBOSS_001 51 ACCAACGTCAAGGCCGCCTGGGGTAAGGTCGGCGCGCACGCTGGCGAGTA 100 EMBOSS_001 1 0 EMBOSS_001 101 TGGTGCGGAGGCCCTGGAGAGGTGAGGCTCCCTCCCCTGCTCCGACCCGG 150 EMBOSS_001 1 0 EMBOSS_001 151 GCTCCTCGCCCGCCCGGACCCACAGGCCACCCTCAACCGTCCTGGCCCCG 200 EMBOSS_001 1 0 EMBOSS_001 201 GACCCAAACCCCACCCCTCACTCTGCTTCTCCCCGCAGGATGTTCCTGTC 250 EMBOSS_001 1 0 EMBOSS_001 251 CTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCGCACTTCGACCTGAGCCACGGCT 300 EMBOSS_001 1 0 EMBOSS_001 301 CTGCCCAGGTTAAGGGCCACGGCAAGAAGGTGGCCGACGCGCTGACCAAC 350 EMBOSS_001 1 0 EMBOSS_001 351 GCCGTGGCGCACGTGGACGACATGCCCAACGCGCTGTCCGCCCTGAGCGA 400 |||.|||||...||..||||.||.|||||||| EMBOSS_001 1 GACCTGCCCGGTGCCTTGTCTGCTCTGAGCGA 32 EMBOSS_001 401 CCTGCACGCGCACAAGCTTCTGGTGGACCCGGTCAACTTCAAGGTGAGCG 450 ||||||.||.||||||||.|..|||||.||.||||||||||||||..|| EMBOSS_001 33 CCTGCATGCCCACAAGCTGCGTGTGGATCCCGTCAACTTCAAGGTATGC- 81 EMBOSS_001 451 GCGGGCCGGGAGCGATCTGGGTCGAGGGG 479 ||.|||| |||| .|||.| EMBOSS_001 82 ----GCTGGGA-----CTGG---CAGGCGG 99 #--------------------------------------- #---------------------------------------